смущает постоянная разница ~3 куба/ч. Т.к. ТСО требует оплату этой разницы как подпитки. Больше всего смущает что первые 12 часов расходомеров-потерь не было.

Вполне штатная ситуация. Судя по отчету, в настройках СПТ стоит контроль небаланса масс, который, по согласованию с ТСО, может быть до 4% - поэтому стоят нули в графе М1-М2. Относительная погрешность ВЭПСов, наверное, 1% минимум, так что все находится в рамках приличий. Претензий у ТСО быть не может.
Поскольку веса импульсов у расходомеров ВЭПС не нормированы, следует, на всякий случай, проверить правильность введенных коэффициентов А и В для обоих расходомеров.

Каким образом я могу доказать что я не должен оплачивать эту разницу?

Какая же это подпитка, если разница между подачей и обраткой со знаком минус? У Вас в отчете, в графе разница масс стоят нули. Это означает, что прибор корректирует отрицательный небаланс масс в пределах разрешенных Правилами 4-х процентной погрешности приборов. У Вас в приборе какая величина небаланса запрограммирована? ТСО закодированный прибор приняла по Акту? Если да, то эта корректировка никак не может определяться как подпитка или утечка или еще что-то подобное. Посмотрите по паспорту расходомера его нормированную погрешность .... кажется, у ВЭПСов она составляет 1,5% При Ваших расходах это составляет около 2-х тонн на прибор в час или до 4-х тонн на два прибора. Если вменяемых в ТСО не найдется - обращайтесь в суд.