Не зная конкретных особенностей, трудно советовать, не рискуя нарваться на обвинения в трюизмах, но всё-таки: Валерий, а связь от датчиков к тепловычислителю идёт экранированным кабелем? Хорошо бы его экран надёжно заземлить со стороны тепловычислителя, чтобы энергии разряда молнии было куда сливаться. Совсем хорошо бы этот кабель - в металлорукав, который тоже надо хорошо заземлить на конце. Только отрезки металлорукава (длиной сразу 300 м всё равно не найдёте) желательно спаять между собой, обеспечив непрерывную "металлическую" связь по всей длине, или соединить специальными "врезающимися" зажимами с той же целью.
Кстати, наш опыт показал, что в сложной помеховой обстановке (Вы упомянули про "антенное поле военных") на ТАКОЙ длине тепловычислитель "рисует" неправильные показания, если связь реализована НЕэкранированным кабелем, из-за наводки; видимо, такой кабель работает как антенна, и наводка интегрируется на пусть и небольшой, но неизбежной входной ёмкости тепловычислителя.
Ставить же на входе блоки молниезащиты если и можно, то тщательно проанализировав их принципиальные схемы, а то можно нарваться на неправильные показания из-за наличия, к примеру, в блоках резистора с небольшим сопротивлением в последовательном проводе. Впрочем, при такой интенсивности молний это может оказаться меньшим из зол... Этих блоков сейчас - море, на любой вкус и цвет: от простых (и сомнительных) китайских через неплохие наши и до PHOENIX, допустим.