А это по подаче.

Не хотелось бы срывать пломбы, это потом такой....

Ни кто и не рассчитывает что будет копейка в копейку, но 2-3 тоны в день многовато.

Если этого много, то тогда надо расходомеры менять на другие с относительными погрешностями измерений менее 0.5%.

Проблема понятная, это вечное противостояние ТСО и потребителя. Жаднасть некоторых ТСО безмерна, но это другая тама.
По данному вопросу могу поделиться опытом из своей практики. У электромагнитных расходомеров есть один недостаток. Они чувствительны к электропроводным отложениям на внутренней поверхности измерительной части шунтирующей электроды. Если теплоноситель плохого качества и содержит к примеру много металла (взвеси в виде ржавчины) или графит. А у нас был случай, когда на небольшой котельной, в теплоносителе оказался мазут. Он покрыл тонким слоем электроды и изолировал их. А в другом случае, после ремонта на сетях, туда попало много графитной смазки, графит замкнул электроды. Вся внутренняя поверхность расходомера (фторопласт) стал черным аж электродов не видно.
Обычно это случается после ППР на теплосетях и в котельных и системы отопления. После запуска отопления, всю грязь разносит по системе. Расходомеры могут страдать как оба так и по отдельности в зависимости от того, откуда тянет грязь и какого она рода.
Во всех этих случаях, обычная промывка результата не дает. Отложения очень стойкие. Расходомеры нужно снимать и чистить механически (тряпкой, щеткой, ершиком) с моющим средством. Если есть возможность то можно не снимая и не отсоединяя расходомера разобрать соединение трубопровода с прибором и почистить на месте. После этой процедуры обычно всё становится нормально.
Не знаю что в данном случае но у меня этих случаев было много.
Кстати по распечаткам это видно, когда разница масс начинает расходится и всё время увеличивается. Конечно не в 100% случаев.